Molekulare Enzymologie und Wirkstofftargets folgt einem doppelblinden Peer-Review-Prozess unter Einbeziehung des Editorial Tracking Systems. Die Zeitschrift nutzt ein Online-System zur Einreichung, Überprüfung und Nachverfolgung von Manuskripten sowie eine vorläufige Qualitätskontrolle durch Mitglieder des internen Redaktionsteams. Der Überprüfungsprozess wird von den Redaktionsmitgliedern von Internet Banking and Commerce oder externen Experten durchgeführt. Für die Annahme eines zitierfähigen Manuskripts sind die Genehmigungen zweier unabhängiger Gutachter sowie die Genehmigung des Herausgebers erforderlich. Autoren können Manuskripte einreichen und ihren Fortschritt im System verfolgen, hoffentlich bis zum Schritt der Veröffentlichung. Gutachter können Manuskripte herunterladen und ihre Meinung an den Herausgeber übermitteln.